Каталог /usr является главным каталогом для хранения приложений. Все бинарные файлы в этом каталоге не должны быть необходимыми для загрузки или обслуживания системы потому что иерархия /usr часто располагается на отдельной файловой системе. Учитывая его большой размер, /usr имеет свою собственную иерархию подкаталогов. Мы упомянем только несколько:
/usr/X11R6: полная иерархия X Window System . Все бинарники, необходимые для работы X (включая X сервера) и все необходимые библиотеки должны находиться здесь. Каталог /usr/X11R6/lib/X11 содержит все аспекты конфигурации X, которые не отличаются для разных компьютеров. Специфические конфигурации для каждого компьютера должны размещаться в /etc/X11;
/usr/bin: этот каталог содержит большинство системных бинарников. Любая бинарная программа, которая не является необходимой для обслуживания системы и не для системного администрирования, должна размещаться здесь. Исключением являются программы, которые вы инсталлировали самостоятельно. Они должны размещаться в /usr/local;
/usr/lib: содержит все необходимые библиотеки для запуска программ из каталогов /usr/bin и /usr/sbin. Есть также символическая ссылка /usr/lib/X11, указывающая на каталог, содержащий X Window System библиотеки, /usr/X11R6/lib (если X конечно инсталлированы);
/usr/local: это место, куда вы должны инсталлировать собственные приложения. Программа инсталляции будет сама создавать необходимую иерархию: lib/, bin/, и т.д.;
/usr/share: этот каталог содержит все аппаратно-независимые данные, необходимые для приложений из /usr. Среди других вещей вы найдете здесь информацию о зоне и расположении. (zoneinfo и locale).
Необходимо также упомянуть каталоги /usr/share/doc и /usr/share/man, которые соответственно содержат документацию приложений и страницы руководства системы.